Markus stammte aus dem Priestergeschlecht der Leviten, war dem Namen Markus nach aber auch Hellenist und soll der Sohn jener Maria gewesen sein, in deren Haus Jesus das Letzte Abendmahl gefeiert hatte und wo die Jünger gemeinsam mit der Mutter Jesu, das Pfingstereignis erlebten.
Im Jahr 44 nahm ihn Paulus zusammen mit seinem Vetter Barnabas auf seine Missionsreise nach Antiochien und Kleinasien mit. Unterwegs kam es den Berichten der Apostelgeschichte nach zum Zerwürfnis. Barnabas und Markus kehrten allein zurück, während Paulus sich andere Begleiter suchte. Um das Jahr 60 war Markus bei Petrus in Rom und verfasste sein Evangelium nach dessen Erzählungen. Dort versöhnte er sich wohl auch wieder mit Paulus.
Nach Petri Tod ging Markus nach Alexandrien, wo man ihn zum Bischof wählte, obwohl er sich selber für unwürdig hielt. Der Überlieferung nach hackte er sich sogar den Daumen ab, um für das Amt nicht in Frage zu kommen. Doch seine Frömmigkeit, seine Wundertätigkeit und seine Begeisterung ließen keinen Zweifel daran, dass er auch ohne Daumen der richtige Bischof war.
Am 25. April 68 überfielen ihn christenfeindliche Alexandriner am Altar und schleiften ihn mit einem Strick um den Hals zu Tode.
Markus wird als Begründer der koptischen (ägyptischen) Kirche verehrt. In Alexandria ist eine Wallfahrt zu seinem Grab ab dem 3. Jahrhundert belegt. Im Jahr 828 entwendeten venezianische Kaufleute seine Reliquien, denen in Venedig der Markusdom erbaut wurde.